V tomto akčním dobrodružné filmu jsou hlavními hrdiny čtyři zmutování želví ninjové, kteří jsou pojmenovaní podle renesančních malířů. Stejně jako v předchozím díle, tak i zde se čtveřice opět pouští do boje proti zlu a jejich velký nepřítel Trhač (Biran Tee) je opět plný energie a kuje zlé pikle se svým novým společníkem, kterým je mocný a zlý Dr. Baxter Stockman (Tyler Perry).
Trhačův návrat učinil Dr. Baxter a po jeho návratu společně vytvářejí mutagen, který jím má dopomoci ovládnou celý svět. První testy způsobí mutaci dvou zločinců, kde jeden z nich je divočák Bebop (Gary Anthony Williams) a druhý je nosorožec Rockstead (Stephen Farrelly). Díky němu oba získávají obrovskou sílu a nadlidské schopnosti. Kromě toho se ještě nad celým New Yorkem stahují temná mračna ohrožení. Vojska dimenze X zaútočí na Zemi a v čelem jim stojí zlověstný vůdce Krang (Fred Armisen). Na stranu ninjů se přidává také nový hrdina, kterým je Casey Jones (Stephen Amell).
